Pour ajouter les fichiers sur lesquels on va travailler dessus, faites un clic droit dans la zone grise (encadrée en rouge sur le dessin) puis cliquez sur Add Multimedia File(s)
Sélectionnez le format de sortie que vous désirez (1), puis le codec vidéo à utiliser (2) et enfin le codec audio à utiliser (3).

Pour cette étape, si vous ne savez pas ce que représente FFMpeg ou MEncoder, laissez le choix par défaut.
Etape importante, c'est le moment de choisir toutes les options qui porteront sur votre fichier de sortie, j'ai numéroté les étapes et je vous donne des explications ci-dessous. A vous de choisir les options selon ce que vous souhaitez, soit une bonne qualité, soit une forte compression, ...
Cette étape permet d'encoder votre fichier, selon toutes les options choisies précédemment. Vous cochez les fichiers à encoder, vous cliquez sur Encode (Active Files. On vous demandera alors de choisir un codec, sélectionnez le, validez et attendez la fin de l'encodage !
Il vous est maintenant facile de convertir vos fichiers en d'autres formats, cela vous permettra par exemple de compresser une vidéo pour l'envoyer à un ami sur Internet.